药物对胚胎影响大致可分为以下几个时期：

妊娠前期从女性发育成熟到卵子受精时期，在这段期间内，使用药物一般比较安全，但要注意在体内半衰期较长的药物。

受精第1日~第14日受精卵发育到胚泡形成，这段期间如果药物导致大量胚囊细胞受损，会导致胚胎的死亡。如果只有少量细胞受损，不会影响其他胚囊细胞最终分化发育成正常个体。

受精15日到妊娠3个月左右该期是经典的致畸期。在这段时间内，首先是心脏、脑开始分化发育，继而是眼、四肢、性腺与生殖器官等。由于各种器官、躯干、四肢在短时间内迅速分化，所以极易受到包括药物毒性在内的各种致畸因素影响。一旦正在分化器官受到影响，就可能形成畸形，这段期间内，药物毒性作用越早，发生畸形可能越严重。

妊娠3个月至分娩这段期间药物致畸可能性大大下降，但有些药物仍可能影响胎儿正常发育。